问题一：2025年度个人所得税手续费返还应什么时候申请？

根据《国家税务总局 财政部 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（税总财务发〔2023〕48号）第四条的规定，代扣、代收扣缴义务人和代征人应于每年3月31日前，向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料，因“三代”单位或个人自身原因，未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。

因此，2025年度个人所得税扣缴手续费返还申请应于2026年3月31日前提交，因扣缴义务人自身原因未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度扣缴个人所得税税款手续费。

问题二：如何申请2025年度个人所得税扣缴手续费返还？

自2026年1月1日至3月31日，扣缴义务人可通过自然人电子税务局扣缴端或自然人电子税务局WEB端扣缴功能“退付手续费核对”模块申请2025年度个人所得税手续费返还。以自然人电子税务局扣缴端为例，具体操作步骤如下：

1.登录自然人电子税务局扣缴端，点击左侧菜单栏下方的【退付手续费核对】；

2.点击【获取结报单】按钮获取结报单和核对清册。系统自动查询退付手续费信息，核对清册核实无误后，可点击【下一步】确认结报单；

3.在“确认结报单”标签页核对数据和退付手续费金额后，选择接收手续费的银行账户信息。然后，点击【申请退库】按钮发起手续费退费申请。

4.税务机关以扣缴义务人确认的结报单作为退付手续费的依据，在进行手续费确认之后，系统自动触发手续费退税流程。

问题三：个人所得税手续费返还比例是多少？

一、根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。

二、根据《国家税务总局关于发布〈个人所得税扣缴申报管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）第十七条规定，对扣缴义务人按照规定扣缴的税款，按年付给百分之二的手续费。不包括税务机关、司法机关等查补或者责令补扣的税款。

扣缴义务人领取的扣缴手续费可用于提升办税能力、奖励办税人员。

三、根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（国令第707号）第三十三条规定，税务机关按照个人所得税法第十七条的规定付给扣缴义务人手续费，应当填开退还书；扣缴义务人凭退还书，按照国库管理有关规定办理退库手续。 

问题四：企业代扣代缴个人所得税时，当期既要申报劳务报酬，又要申报工资薪金的情形下，在自然人电子税务局扣缴端如何进行申报？

扣缴义务人登录自然人电子税务局扣缴端，点击【综合所得申报】，进入“综合所得预扣预缴表”页面，在【1收入及减除填写】界面分别填写正常工资薪金所得和劳务报酬项目，然后点击【2税款计算】。如在收入及减除中填写了免税收入、减免税额、商业健康保险、税延养老保险和准予扣除的捐赠额情况下，需要在【3附表填写】的相应附表里面完善附表信息，最后点击【4申报表报送】，将工资薪金所得和劳务报酬所得一起报送，完成综合所得预扣预缴申报。

问题五：纳税人有多家企业需要代扣代缴个人所得税，如何在自然人电子税务局扣缴端添加不同的单位信息？

登录自然人电子税务局扣缴端后，点击右上角【单位管理】-【添加】；选择企业所在省、市，录入企业的纳税人识别号，点击【保存】，提示保存成功，企业即添加成功。

通过【单位管理】模块可进行添加、删除单位以及切换单位，该界面下可查看系统中所有单位当月综合所得报表的申报状态。