当公司发展到一定阶段，一些大公司会在全国范围开展分公司业务，分公司是总公司的分支机构，不具有法人性质，没有自己的经营范围、注册资本，如果分公司是独立核算的则需要办理税务登记，如果不是独立核算，则有总公司进行核算，那么总分公司常见哪些问题呢?接下来汉口公司注册代办为您解答。

税务登记
如果分公司与总公司由同一税务机关管理，税务机关对于分公司采用备案制，分公司无法取得自己单独的税务登记证。因而无法自己开具发票。如果分公司可以自己取得税务登记证，由于不动产发票的购领需要提供房屋预售证与规划许可证，经过与税务机关的沟通，常规情况下，提供总公司的预售证与规划许可证是无法领购分公司抬头的发票。
因而，我们可以得出结论，常规情况下，由于项目立项、规划、施工、预售都是总公司的抬头，是无法以分公司名义开具发票对外经营。只能以总公司名义购领发票对外销售。
1、非独立核算
不能单独开立基本账户，不能单独领用发票，可以在总公司下设单独账户，统一纳税。可以不再新办税务登记证，但是要到总公司所在地税务机关办理备案手续。
2、独立核算
能单独开立基本账户，能单独领用发票但也要缴纳税金(包括企业所得税)。只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。
3、总分公司的专票可以互相抵扣吗?
分公司和总公司在增值税上属于不同的纳税主体，二者纳税人识别号也不一样，各自抵扣自己的。
4、分公司抬头发票可以拿到总公司税前扣除吗?
若是总分公司的企业所得税是汇总纳税的，而企业所得税是法人税制，总公司的发票开成分公司的抬头是可以在企业所得税中扣除的。
5、总分公司可以互开发票吗?
分公司是独立的增值税纳税主体，分公司为总公司或者其他分公司提供了服务，销售了产品，自然应当正常申报纳税，并向对方开具发票;分公司和总公司相互开票是可以的，但并不代表这可以乱开票，一切的基础依然是业务，这里的风险点大致有以下几个：
 (1)分公司与总公司或分公司之间的业务必须真实，如果没有业务的真实性，开票就变成了虚开;
 (2)由于是强关联关系，业务真实性的背后是合理性，税务机关会关注这个义务是不是合理，这里的合理可能包括业务的逻辑，可能包括价格的约定，双方利润空间的设定等;
 (3)分公司和总公司双方除了开具发票，一定要有完整的证据链证明业务的真实合理，必要的证据链可能包括合同、付款、发票以及其他相关证据，如货物的入库与出库手续，提供服务的其他证据等。